Keributan terjadi Selasa malam (15/9/2026) sekitar pukul 22.00 WIT, saat kapal hendak merapat. Sejumlah orang yang disebut berasal dari Suku Paniai nekat memanjat pagar pelabuhan yang sudah ditutup, setelah mendapat kabar keluarga mereka terlibat percekcokan di atas kapal.
Bentrokan pun pecah dengan petugas KP3, Pelni, dan tenaga bongkar muat, hingga sebagian kaca kantor Pelni rusak. Massa yang sempat membawa kayu dan batu akhirnya kabur dengan melompat ke laut menuju Dermaga Syahbandar/KPLP. Akibatnya, jadwal sandar kapal digeser ke Rabu pagi pukul 06.30 WIT, sementara personel pengamanan Kodaeral X tetap aman selama kejadian.
Belajar dari insiden itu, aparat gabungan memperketat penjagaan hingga situasi kondusif. Alhasil, KM Gunung Dempo sandar lancar pukul 06.40 WIT dan bertolak kembali pukul 10.35 WIT tanpa gangguan, dikawal 3 personel Denintel Kodaeral X, 14 KSOP, 50 gabungan KP3 Laut-Polresta Jayapura, dan 15 personel Pelni.
Kapal berawak 120 ABK ini dinakhodai Capt. Asep Suparyo, dalam perjalanan dari dan menuju Nabire di rute Nabire–Wasior–Manokwari–Sorong–Ambon–Bau-Bau–Makassar–Surabaya–Tanjung Priok (PP). Selama di Jayapura, kapal menurunkan muatan 17 Teus dry container, 4 Teus reefer container, 143 koli general cargo, 10 karung redpack, dan 22 koli poss, serta mencatat 1.083 penumpang turun dan 1.553 penumpang naik.
Meski diwarnai insiden malam sebelumnya, kesigapan aparat gabungan memastikan proses sandar dan keberangkatan KM Gunung Dempo berjalan aman hingga akhir.
